1.FAI360气泡图软件 - 操作简单、功能强大

FAI360气泡图软件：操作简易且功能强盛FAI360是由北京力信联合科技有限公司开发的专业FAI样品全尺寸报告软件，它不仅在操作上追求简便易用，更在功能上实现了全面而强盛的支持。以下是对FAI360气泡图软件的详尽介绍：

一、软件概述FAI360历经多年自主开发和版本迭代，并经过行业领先用户的长期验证，已经广泛应用于半导体设备、汽车、医疗、航空、风电及通用设备制造等多个领域。该软件通过OCR智能识别和自动处理技术，实现了对样品原始图纸的高效处理，能够在添加气泡标记的同时完成尺寸提取和应用公差方案，综合处理速度是习惯作业模式的5倍以上。

二、软件特点操作简易：用户界面友善，布局清楚，使得用户能够轻松上手。提供详尽的操作指南和帮助文档，帮助用户快速掌握软件的使用方法。支持拖拽操作，用户可以通过简易的拖拽动作完成图纸的导入、气泡标记的添加等操作。功能强盛：支持对标准格式和图片格式的pdf文件以及DWG/DXF等格式的CAD图纸文件进行高效处理。实现了OCR智能识别技术，能够自动识别图纸中的尺寸和公差信息，减少人工输入的错误和工作量。提供丰腴的气泡标记样式和自定义选项，满足用户多样化的需求。支持一键导出pdf气泡图和定制格式的Excel数据报告，方便用户进行后续的数据分析和处理。

三、软件版本FAI360目前提供两个版本以满足不同的用户需求：专业版：提供基础的气泡图制作和Excel数据报告导出功能，适用于一般性的FAI样品全尺寸报告需求。旗舰版：在专业版的基础上增加了更多高级功能，如更繁琐的公差方案应用、更丰腴的气泡标记样式等，适用于对FAI样品全尺寸报告有更高要求的用户。

四、软件功能展示OCR智能识别与自动处理：软件能够自动识别图纸中的尺寸和公差信息，并将其提取到软件中。用户可以在软件中对提取的尺寸和公差信息进行编辑和修改，以满足实际需求。气泡标记添加与尺寸提取：用户可以在图纸上添加气泡标记，并指定需要提取的尺寸信息。软件会自动提取指定位置的尺寸信息，并将其显示在气泡标记中。公差方案应用：用户可以在软件中选择或自定义公差方案，并将其应用到图纸中的尺寸信息上。软件会根据用户选择的公差方案对尺寸信息进行计算和判断，确保结果的准确性。pdf气泡图导出：用户可以将制作好的气泡图导出为pdf格式的文件，方便进行后续的打印和分享。导出的pdf气泡图包含图纸中的所有气泡标记和尺寸信息，清楚易读。Excel数据报告导出：用户可以将提取的尺寸信息和公差方案导出为Excel格式的数据报告。导出的Excel数据报告包含详尽的尺寸信息、公差方案和计算结果等，方便用户进行后续的数据分析和处理。

五、软件图片展示综上所述，FAI360气泡图软件以其操作简易、功能强盛的特点，在FAI样品全尺寸报告制作领域具有显著的优势。无论是对于一般性的需求还是对于更高要求的用户，FAI360都能够提供全面而高效的支持。

2.使用软件MaxQuant对蛋白质组学进行搜库分析

使用MaxQuant对蛋白质组学进行搜库分析的步骤如下

1. 下载软件进入官网http://maxquant.org，选择MaxQuant软件，解压后无需安装，点击MaxQuant.exe即可使用

2. 下载待搜库物种蛋白质序列以下载人类蛋白组序列为例：打开UniProt网站，选择Taxonomy 》human。点击taxid 9606。选择View proteomes中的Reference proteomes。点击该数据库含有的蛋白数目82485。点击左上角的Reviewed (Swiss - Prot)，它是Reviewed，即人工审阅，归属于UniProt下的Swiss - Prot数据库，选中后点击右侧的Download即可

3. 使用MaxQuant（示例软件版本：MaxQuant_2.4.7.0）MaxQuant对蛋白质序列数据库fasta文件中的蛋白质序列进行模拟酶切和碎裂，将蛋白质序列信息转换为理论谱图数据。通过将理论谱图数据与实际采集到的原始谱图数据进行比对打分，实现搜库的过程

3.1 导入数据Load：导入质谱数据，主要原始数据格式有.raw (Thermo公司)、.d (Bruker公司)、.WIFF和.wiff.scan (SCIEX公司)等。Set experiment：设置实验组名称，注意如果设置相同的名称，后续搜库时会被合并。若样本数量多时可以像截图中一样直接点击No fractions自动导入0 - 5（Experiment列）的数字，后续可在搜库结果里修改

3.2 设定组特定参数对于常规的非标定量检测，可直接使用软件默认的参数。Type：默认选择Standard，label - free和MS1 - labeled样本选择Standard，习惯的同位素标记标记样本（TMT）选择Reporter ion MS2，同位素标记的MS3质谱选择Reporter ion MS3。Modifications：默认选择固定修饰Carbamidomethyl (C)、可变修饰Oxidation (M)和Acetyl (Protein N - term)。Variable modifications：指并非每个氨基酸都会发生的修饰，如蛋氨酸氧化（Oxidation (M)）可能只发生在某些蛋氨酸上。再比如，只有少数肽的N端会发生乙酰化（Acetyl (Prorein N - term)）。需要注意的是可变修饰会增加in silico肽数据库的容量，进而增加分析时间。Fixed modifications：指特定氨基酸每次出现时都会发生的修饰。这些修饰通常是人为引入的，如蛋白质组学样品制备中防止二硫键重新形成的半胱氨酸的氨基甲酰甲基化，也是该参数的默认值Carbamidomethyl (C)。Digestion：默认选择Specific和Trypsin/P。Max. missed cleavages默认为2。因为准确的裂解特异性等优点，胰蛋白酶在多数自下而上的蛋白质组学实验中都被用作蛋白酶。因此Enzyme默认值为Trypsin/P。胰蛋白酶能裂解精氨酸和赖氨酸C末端的肽段，除非其后有脯氨酸。MaxQuant使用该规则对蛋白质数据库进行in silico裂解。需要修改的参数：Label - free quantification：选择LFQ。Instrument：根据实际质谱检测的仪器选择Instrument type

3.3 设定全局参数Sequence：add导入参考的Human蛋白质序列数据库fasta文件。选中蛋白序列行，点击Identifier file，选中第5个Up to fisrst space，点击ok。可勾选参数及含义：Identification——Match between runs：由于缺失值的存在会削弱生物样本或实验条件之间真实定量差异的能力，Match between runs功能可以改善缺失值问题。PSM FDR：PSM水平的FDR阈值，由TDA计算得出，0.01代表1% FDR。Protein FDR：蛋白质水平的FDR阈值。Site decoy fraction：修饰位点表水平上对饵命中进行过滤。Min. peptides：鉴定一个蛋白质簇所需总肽段数的最小值，并在最终表格中报告。Min. razor + unique peptides：鉴定一个蛋白质簇所需razor + unique肽段数的最小值，并在最终表格中报告。Min. unique peptides：鉴定一个蛋白质簇所需unique肽段数的最小值，并在最终表格中报告。肽会以统计的方式组合成相应的蛋白质，因此主要应根据唯一肽进行判断。可以将参数设为1，即输出表中只报告至少有一个唯一肽的蛋白质。Min. score for unmodified peptides：接受MS2鉴定无修饰肽的最小Andromeda分数。推荐值为0，即除FDR外，没有额外的过滤。Min. score for modified peptides：接受MS2鉴定修饰肽的最小Andromeda分数。默认值为40。除对PSMs应用的FDR外，还需额外过滤。Min. delta score for unmodified peptides：接受MS2鉴定无修饰肽的最小Andromeda delta分数。推荐值为0，即除FDR外，没有额外的过滤。Min. score for modified peptides：接受MS2鉴定修饰肽的最小Andromeda delta分数。默认值为6。除对PSMs应用的FDR外，还需额外过滤。Base FDR calculations on delta score：如果选中，所有FDR计算都将使用delta分数作为输入。delta分数是得分最高的PSM与氨基酸序列不同、得分次之的PSM之间的分数差。Dependent peptides：无偏搜索来自已鉴定肽的修饰肽。Label - free quantification：勾选iBAQ。iBAQ是基于Intensity的强度值，除以该蛋白的理论可被检测的肽段数目计算而来的定量值，主要用于不同蛋白的相互比较

3.4 设置线程数，运行可以根据电脑的cpu数量进行设置

4. 搜库结果文件展示搜库完成后，主要结果在Combined文件夹下的txt子文件夹，包含上图中的文件，常用的文件有蛋白结果信息proteinGroups.txt和肽段结果信息peptides.txt。如果对于结果中的表头信息不太清楚，可查阅tables.pdf文件，其中解释了每个txt结果文件中各个表头的含义。

3.FAI 360 - 专业的FAI样品全尺寸报告软件

FAI 360：精准高效的全尺寸报告软件FAI 360，一款经过用心研发和多代迭代的专业软件，凭借其卓越的性能和广泛的行业应用，已经成为半导体设备、汽车制造、医疗健康和航空领域中不可或缺的工具。它以智能OCR技术为核心，彻底革新了尺寸测量和报告生成的习惯流程。软件的强盛之处在于其对原始图纸的高效处理，无论是PDF还是CAD格式，都能轻松应对。只需简易几步，即可实现高效操作：一步到位：气泡标记与尺寸提取 在添加气泡标记的同时，FAI 360能精准提取尺寸信息，所有数据清楚可见，实时更新于窗口右侧上部的尺寸列表，大大节省了80%以上的综合处理时间。图形导出：个性化气泡图 一键导出PDF气泡图，用户可以根据需要调整气泡的大小、颜色和形状，实现图形的精准呈现。报告生成：标准化与自定义并存 FAI 360支持PPAP和AS9102B等标准报告格式，同时允许用户自由定制，利用公式和函数功能判断是否达标，确保报告的准确性和完整性。使用FAI 360，用户不仅能节省大量的人力成本，减少项目遗漏和手工录入的误差，还能轻松管理设计变更。旗舰版特有的“设计变更管理”功能，使用户能够快速替换pdf图纸，颜色鲜明地展示新旧版本之间的尺寸和图形差异，几分钟内就能完成新版本的气泡图更新和全尺寸报告的生成，极大地提高了工作效率和准确性。在FAI 360的帮助下，无论是样品管理还是质量控制，都变得更加直观、高效，为企业带来了显著的经济效益和竞争优势。它不仅是一款软件，更是推动制造业数字化转型的强盛引擎。

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